Francis Mer était un Président du Conseil du CEPII énergique, volontariste, visionnaire et exigeant. Conscient du défi posé par la Chine, il avait encouragé le CEPII à renforcer ses études sur le développement de ce pays et les conséquences que cela pouvait avoir pour l'économie mondiale. Il avait également invité le CEPII à développer ses travaux sur les questions européennes, dans une période de mise en place de l'Euro.

Pro-européen convaincu, Francis Mer avait, après l'échec du référendum sur la Constitution Européenne de 2005, défini les objectifs prioritaires nécessaires et réalistes capables de relancer par le consensus la construction européenne dans un ouvrage coécrit avec Stuart Bell et Frédéric Allemand, aux éditions Fondation pour l'innovation politique, 2007.  Parmi ces objectifs, on retiendra des thèmes qui sont toujours d'une grande actualité : l'achèvement du marché unique des services, des technologies et surtout de l'environnement pour qu'émerge une « Europe verte », des politiques de recherche ambitieuses, l'impératif d'assurer la sécurité énergétique du continent, la création d'une taxe carbone progressive, la construction de stocks stratégiques, enfin une politique d'immigration commune pour les visas, les conditions de l'asile et de l'accueil, ainsi que des reconduites à la frontière.